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南明时期抗清的郑成功但永曆政权内部仍然矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，农民军也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机 。1649—1650年，何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘杀害，清军重新占领湖南、广西；其他刚刚收复的失地也相继丢掉了 。不久，李过之子李来亨等农民军将领率部脱离南明政府，转移到巴东荆襄地区组成夔东十三家军，独立抗清 。这支部队一直坚持到1664年 。综观1645-1651年间，南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清 。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等地，地盘尽失 。直到以孙可望为主的大西军加入，再次改变了整个局势 。张献忠于1646年战死后，以其义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等人为主的大西军残部自1647年进占云南、贵州两省 。1652年，南明永曆政权接受孙可望和李定国的建议联合抗清建议，定都安龙所 。不久，以大西军余部为主体的南明军对清军展开了全面反击 。李定国率军8万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡阳大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动 。同时，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东 。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷 。东南沿海的张煌言、郑成功等的抗清军队也乘机发动攻势，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、小盈岭大捷、江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永曆封号 。一时间，永曆政权名义控制的区域恢复到了云南、贵州、广西三省全部，湖南、四川两省大部，广东、江西、福建、湖北四省一部，出现了南明时期第二次抗清斗争的高潮 。之后，刘文秀于四川用兵失利，在保宁战役中被吴三桂侥倖取胜 。而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利 。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利 。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面 。之后李定国与郑成功联络，于1653年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州，一举收复广东，但郑军屡误约期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功 。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州大捷，1657年又取得护国岭大捷 。最终结果1656年（永曆十年），孙可望秘谋篡位，引发了南明内部一场内讧，李定国拥永曆帝至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清 。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，云贵虚实尽为清军所知 。1658年（永曆十二年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州 。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，永曆帝狼狈西奔，磨盘山血战 。这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，接连取得定海关大捷、瓜州大捷、镇江大捷的胜利，一度兵临南京城下，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门 。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉着应战，取得厦门大捷的胜利，稳定了东南沿海局势 。1661年（永曆十五年），吴三桂率清军入缅，索求永曆帝，十二月缅甸国王将永曆交于清军，次年四月永曆帝与其子等被吴三桂处死于昆明 。七月，李定国在真腊得知永曆帝死讯，亦忧愤而死 。而同年五月，郑成功亦于台湾急病而亡 。永曆帝被害后，中国较大规模抗清活动就只有夔东十三家与郑成功在台澎金厦 。1662年清军开始对其进行绞杀，1664年，夔东十三家军抗清失败，首领李来亨全家自焚，大明王朝在大陆地区的抵抗运动结束 。评价农民军和封建政权能够走到一起抵抗清军，它反映了南明有识之士已经看到国内民族矛盾上升为主要矛盾这一客观事实 。南明军与大顺军的合作，虽然使抗清力量增强了不少，但是联寇抗清还是失败，一个原因是南明政权政治腐败和政权内部不和，南明隆武至永曆朝廷中的官绅大多数是把联合农民军作为权宜之计，内心里往往对农民军深怀敌意，私下甚至在某些公开场合仍斥之为“贼” 。每当形势危急之时，他们把农民军推到第一线，喘息方定就以种种藉口支开农民军 。有限的财力都用于培植杂牌“官军”和召募“亲兵” 。使清军有逐一击破的机会 。同时缺乏一个有系统的抗清计画 。拥立南明君主的人如马士英、阮大铖、孙可望、郑芝龙之流，其所以拥立君主完全是出于个人的利益 。他们争权夺利，苛敛于民，对于战况的危急根本漠不关心 。