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模式图(用进废退)例证用长颈鹿做比喻,长颈鹿的祖先是矮的,因为要吃高的树叶,就拚命"长'脖子,结果脖子长了,遗传给下一代;深海的鱼类,因为看不到光,眼睛退化,也遗传给下一代.这个学说有一致命破绽,虽然身体改变了,但基因没有改变,长再高也不会遗传给下一代 。用达尔文的观点说,就是长颈鹿因为基因的隐性和显性的问题,有的高,有的矮,高活下来,基因得以遗传给下一代,就越来越高,而矮的,因为没有食物而死亡,基因很难遗传,所以最后消失.深海鱼类之所以眼睛瞎,是因为巧合有眼睛的鱼类不适用被淘汰,或者是出生后慢慢退化的 。一些动物可终身栖息于黑暗的洞穴（如石灰洞、溶岩洞等），这些洞穴动物（cave animal）包括鱼、螈、蜘蛛等，它们体内通常缺少色素，眼睛退化或完全消失 。不论这些动物在历史上因为何种原因而误入洞穴，它们已经习惯了黑暗的世界，乃至无法在光明的世界中生存（谢平2014） 。
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一种生活在洞穴中的盲鱼—宽吻盲鮰达尔文也是用拉马克的用尽废退和获得性遗传来说明洞穴动物眼睛退化的原因，当然加上了他的自然选择 。他说，“鼹鼠和某些穴居的啮齿类动物的眼睛是残疾的，并且在某些情形下，它们的眼睛完全被皮和毛所遮盖 。眼睛的这种状态大概是由于不使用而逐渐缩小的缘故，不过这里恐怕还有自然选择的帮助” 。他在谈到南美洲的一种穴居齧齿动物Ctenomys时推测，“因为眼睛常常发炎对于任何动物必定是有损害的，同时因为眼睛对于具有穴居习性的动物肯定不是必要的，所以在这种情形下，它们的形状缩小，上下眼睑黏连，而且毛生在上面，可能是有利的；倘使有用，自然选择就会对不使用的效果有所帮助” （Darwin 1872） 。其他信息达尔文观点局限性：他那时没有意识到这样一个观点——基因突变 。在自然界里，不光是环境在选择物种，物种本身也在不断变化 。当环境变化,生物体中的主流个体不适合环境的要求的时候，突变个体就会被选择出来 。当环境的变化已经不适合普通古猿的生存的时候，在许多突变个体中，适应环境的被保留，不适应的被淘汰 。有时候物种基因突变的速度远远超出人们的想像，纽约市就曾经在冷藏食品库里发现身上长着长长绒毛的老鼠，但是周围都没有这样的物种 。说明老鼠为了吃到食品库的食物，长时期在低温环境下觅食，环境选择出了突变出抗寒基因的个体 。达尔文认为物种的进化是渐进的，但未能说明物种变化的内因 。