漕运衙门的清廉，成了朝廷头疼的大问题 。道光帝曾派穆彰阿出任漕运总督，来整顿漕务，这岂非缘木求鱼?穆彰阿本就是个出名的捞钱能手 。
漕运系统已成为一个巨大的利益共同体，依附在漕运的人，都要靠着漕运发财 。谁敢砸他们的饭碗，他们就敢要谁的命 。
咸丰五年，公元1855年，黄河发生了著名的改道，转由山东入海 。京杭大运河的航道进京不太方便，再加上连年战乱，海运和铁路的兴起，漕运的重要性遭到断崖式下降 。最终在清朝灭亡前6年，1905年(阴历是光绪三十年十二月)初，漕运总督衙门和各省的粮道被撤 。因漕而兴的奢侈与苦难，都成了历史云烟 。
不过，作为漕运总督的衙门，江苏淮安的总督漕运部院衙门依然还在，虽然只是遗址，但气势依旧雄伟 。

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